最新研究：新冠病毒已演化出兩個亞型 傳播力毒力區別較大
童蘭
新型冠狀病毒的起源和演變一直備受關注。有關新冠病毒是否來自華南海鮮市場，經由這里非法交易的野生動物再傳播到人，以及該市場是否是疫情起源地等問題，一直存在爭議。
3月3日，中國科學院主辦的《國家科學評論》(National Science Review)發表題為《關于SARS-CoV-2的起源和持續進化》的論文，通過對迄今最大規模的新冠病毒全基因組分子進化分析，揭示了新冠病毒已經演化出L和S兩個亞型，這兩個亞型在地域分布以及人群中的比例相距甚遠。而且根據新型冠狀病毒的演變方式，作者推測這兩種亞型的傳播能力、致病嚴重程度或許存在較大區別。
L型病毒傳播能力強 致病性高
北京大學生命科學學院生物信息中心陸劍研究員與中國科學院上海巴斯德研究所崔杰研究員是這篇論文的共同通訊作者。作者表示：“如果這一結論得到證實，將有可能指導我們更好地對新冠肺炎進行差異化的治療和防控。”
研究分析的103個新冠病毒基因組數據全部來源于公共數據庫。這些病毒樣本的基因序列的收集時期最早是去年12月24日，最晚是今年2月5日。分析表明，這些病毒株一共存在149個突變位點，且多數突變在近期發生。
在這103個病毒株中，有101個屬于兩個亞型之一。具體而言，兩個亞型的區別在于病毒RNA基因組的第28144位點，L型是T堿基(對應亮氨酸，Leu)，S型是C堿基(對應絲氨酸，Ser)。通過與其他冠狀病毒比較，作者發現S型新冠病毒與蝙蝠來源的冠狀病毒在進化樹上更接近，從而得出S型相對更古老的結論。
但研究人員意外發現，相對古老的S型新冠病毒并沒有因為在人群中傳播的時間更長，而感染更多的人。基因組數據表明，感染S型的比例占30%，反倒是相對年輕的L型新冠病毒的感染比例占70%，而且每個L型病毒株比S型攜帶了相對更多的新生突變。
基于上述反常現象，作者推測：“L型病毒傳播能力更強，或者在人體內復制更快，因此可能意味著其毒力也更大。”
作者還專門比較了1月7日前后S型和L型所占比例的變化，他們發現L型在病毒株中的比例下降，S型比例上升。作者由此推測：“這可能是因為L型病毒的患者更容易表現出癥狀，因而更容易受到人工干預，從而使L型新冠病毒受到的負選擇壓力更大，感染的人數由此變少。”
患者可同時感染L型和S型病毒
此外，從絕大多數患者提取的病毒株的第8782位和28144位點均只顯示C堿基或T堿基，也就是說，只感染了L型或S型中的一個病毒亞型。然而，從曾經在確診前、近期有過武漢旅行史的一位美國患者分離的病毒株，這兩個位點均呈現了C和T的混合現象，也就是說，很有可能這位患者同時感染了L型和S型新冠病毒(但目前還無法排除新突變型的可能性)。
一位中科院從事生物信息分析方面研究工作的研究員告訴第一財經記者：“L型看起來是突變型，從這個亞型的兩個突變密碼子偏好性來看，更適合人，在湖北比較多；S型是野生型，感染能力似乎較弱，但在全球范圍的分布更廣。”但他同時表示，由于采用的基因測序技術不一致，也有可能導致得出的數據分析有偏差。
作者還特別指出，論文的一個重要推論，即病毒不同亞型與其致病性的關系，本可通過把基因組數據和病例結合起來分析，從而加強證據等級。但由于種種原因，研究者無法得到患者資料，也無法得到更多基因組數據。
此前，數個科研團隊發現新冠病毒與蝙蝠攜帶的SARS相關冠狀病毒相似，在基因組層面相似度高達96.2%。對此，上述論文的研究作者認為，盡管先前研究認為蝙蝠RaTG13和新冠病毒在全基因組核酸序列上只有4%的區別，但更有意義的比較方式是比較基因組上中性位點的差異。他們通過這一比較得出結論認為，新冠病毒與RaTG13的區別要比原來認識的大很多，遺傳距離相當于人與黑猩猩區別的14倍。
童蘭
新型冠狀病毒的起源和演變一直備受關注。有關新冠病毒是否來自華南海鮮市場，經由這里非法交易的野生動物再傳播到人，以及該市場是否是疫情起源地等問題，一直存在爭議。
3月3日，中國科學院主辦的《國家科學評論》(National Science Review)發表題為《關于SARS-CoV-2的起源和持續進化》的論文，通過對迄今最大規模的新冠病毒全基因組分子進化分析，揭示了新冠病毒已經演化出L和S兩個亞型，這兩個亞型在地域分布以及人群中的比例相距甚遠。而且根據新型冠狀病毒的演變方式，作者推測這兩種亞型的傳播能力、致病嚴重程度或許存在較大區別。
L型病毒傳播能力強 致病性高
北京大學生命科學學院生物信息中心陸劍研究員與中國科學院上海巴斯德研究所崔杰研究員是這篇論文的共同通訊作者。作者表示：“如果這一結論得到證實，將有可能指導我們更好地對新冠肺炎進行差異化的治療和防控。”
研究分析的103個新冠病毒基因組數據全部來源于公共數據庫。這些病毒樣本的基因序列的收集時期最早是去年12月24日，最晚是今年2月5日。分析表明，這些病毒株一共存在149個突變位點，且多數突變在近期發生。
在這103個病毒株中，有101個屬于兩個亞型之一。具體而言，兩個亞型的區別在于病毒RNA基因組的第28144位點，L型是T堿基(對應亮氨酸，Leu)，S型是C堿基(對應絲氨酸，Ser)。通過與其他冠狀病毒比較，作者發現S型新冠病毒與蝙蝠來源的冠狀病毒在進化樹上更接近，從而得出S型相對更古老的結論。
但研究人員意外發現，相對古老的S型新冠病毒并沒有因為在人群中傳播的時間更長，而感染更多的人。基因組數據表明，感染S型的比例占30%，反倒是相對年輕的L型新冠病毒的感染比例占70%，而且每個L型病毒株比S型攜帶了相對更多的新生突變。
基于上述反常現象，作者推測：“L型病毒傳播能力更強，或者在人體內復制更快，因此可能意味著其毒力也更大。”
作者還專門比較了1月7日前后S型和L型所占比例的變化，他們發現L型在病毒株中的比例下降，S型比例上升。作者由此推測：“這可能是因為L型病毒的患者更容易表現出癥狀，因而更容易受到人工干預，從而使L型新冠病毒受到的負選擇壓力更大，感染的人數由此變少。”
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